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如果苹果手机在收到短信时仍然有声音，即使设置了静音，可能是由于以下原因。
1、静音设置错误：可能是手机的静音模式没有正确开启，尝试多次按动手机侧面的静音键，以确保其已开启。
2、短信铃声设置问题：在短信应用内部可能仍有相关的通知声音设置，可以打开“设置”应用，进入“通知”或“短信”选项，查看是否开启了通知声音。
3、应用权限问题：某些应用可能具有独立的消息通知设置，这些设置可能与手机的静音设置冲突，尝试进入相关的应用设置，查看其通知权限并进行调整。
4、系统错误或软件问题：可能是系统出现了错误或应用存在冲突，尝试重启手机，或更新系统到最新版本，看是否能解决问题。
5、第三方应用干扰：某些第三方应用可能会阻止手机的静音功能正常工作，可以尝试关闭或删除最近安装的应用，看是否能解决问题。
如果以上方法都不能解决问题，建议备份手机数据并恢复出厂设置，或联系苹果官方客服寻求进一步的帮助。